Bez zahájení léčby trvá infekce hiv v závislosti na okolnostech 9 až 11 let. Poté přechází do stádia Aids, což pro pacienta znamená pouhých několik měsíců života. Okamžitě po objevení viru se začalo s hledáním účinné léčby a mezi prvními prostředky se již v roce 1985 začal využívat azidothymidin. Jakožto inhibitor reverzní transkriptázy zasahoval do přirozeného replikačního cyklu viru a blokoval enzym odpovědný za přepis RNA viru do DNA lidské buňky. Aby však bylo dosaženo dostatečné účinnosti, dostával pacient poměrně vysoké dávky, jenž sebou nesly řadu vedlejších účinků.
Boj s touto nemocí zaznamenal za posledních dvacet let ohromný pokrok a v rámci vysoce aktivní antiretrovirální terapie (HAART) se užívá celá řada léků. Tato moderní metoda léčby pochází ze zjištění, že jednotlivé léky mají mnohem vyšší účinnost podávané v kombinaci, proto se dnes používají v rámci HAART tři a více léků. Mezi nimi stále stěžejní roli sehrává azidothymidin, jehož je díky vhodné kombinaci možné podávat mnohem menší dávky. Povětšinou se v koktejlu setkáváme s dvojicí léku na bázi Nukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (NRTI) doplněné o proteázové inhibitory (PI) či Nenukleosidové inhibitory reverzní transkriptázy (NNRTI).
Účinnost léčby se určuje na základě počtu buněk CD4 a tzv. virové nálože. Cílem je co možno nejvíce ozdravit imunitní systém a snížit množství viru HIV pod měřitelné hodnoty. Na základě vývoje těchto hodnot lze usoudit, zda je léčba účinná. Začne-li totiž docházek ke zvýšení virové nálože, vypěstovalo si HIV resistenci na současnou léčbu a je nutné zvolit jinou kombinaci léků. U pacientů, u nichž léčba pomocí HAART selhává jsou nasazovány Inhibitory fúze, jenž fungují na principu zamezení vstupu viru do zdravých buněk. Oproti ostatním lékům se podává injekčně a nese sebou riziko vedlejších účinků. Právě proto se využívají až jako prostředky záchranné terapie. K resistenci na léčbu dochází kvůli vysoké variabilitě hiv. Virus během množení v jádru buňky často mutuje, což v praxi znamená, že každý nakažený je defakto nositelem tisíců podtypů viru. Z tohoto důvodu je nutné dodržovat pravidla bezpečného styku i mezi nakaženými. Případná reinfekce totiž zvyšuje pravděpodobnost rychlejšího a závažnějšího průběhu onemocnění a zhoršení účinku léčiv.