Onemocnění dělíme na čtyři stádia, inkubační dobu, akutní infekci HIV, asymptomatickou fázi a rozvinuté stádium HIV následované Aids. Přibližně 0,5% nakažených osob si dokáže zachovat vysokou hladinu T lymfocytů i bez retrovirální léčby a k propuknutí posledního stadia u nich doposud nedošlo. Tito jedinci jsou klasifikováni jako dlouhodobě bezpříznakový, avšak pro konstatování, že u nich k propuknutí aids vůbec nedojde, neexistuje doposud dostatečně dlouhé pozorování.
Virus potřebuje obvykle 2 až 4 týdny inkubační doby, než začne masově napadat typ T lymfocytů pojmenovaný CD4. V jejich jádře dochází k jeho množení, což vede k akutní primární infekci HIV. Ta se povětšinou projeví podobnými příznaky jako chřipka či mononukleóza. Nakažený se projevuje teplotou vyšší než 38 °C, zánětem hltanu a zvětšenými mízními uzlinami na více částech těla (krk, třísla, podpaží). Mezi dalšími symptomy můžeme pozorovat bolesti hlavy a svalů, pocit nevolnosti až zvracení, průjem a malátnost. Objeví-li se vyrážka, jedná se spíše o krátkodobý výskyt, přičemž po několika hodinách dochází k jejímu vymizení a následnému návratu. Bílý povlak sliznic úst je často považován za příznak mononukleózy. Toto akutní období trvá obvykle méně než čtrnáct dnů a objevuje se jen přibližně u poloviny pacientů.
Akutní virová infekce je doprovázena aktivací T-lymfocytů CD8, které likvidují napadené buňky. Tato zvýšena aktivita imunitního systému dokáže zredukovat počet virových částí v krvi. Virus je navíc po nějakou dobu naprosto latentní a ve větší míře se šíří pouze při oslabení imunity. Po dobu přibližně deseti let svádí imunitní systém s virem Hiv naprosto skrytou bitvu. Část pacientů může pociťovat symptomy již během této fáze. Povětšinou se jedná o zvětšení lymfatických uzlin, tzv. generalizované lymfadenopatie, jejíž přítomnost ukazuje na horší a rychlejší průběh onemocnění. Mezi další objevující se příznaky se řadí přetrvávající horečka, herpetická infekce a těžký průjem.
Poklesem lymfocytů pod 200 na ml krve začínáme hovořit o rozvinutém stádiu HIV. Organismus již není schopen reagovat na přítomnost vetřelce a stává se náchylný nejen k vlivům virů, bakterii či plísní. Cílem imunitního systému je i rozpoznávat a likvidovat poškozené buňky, jenž by mohly vyvolat nádorové bujení. Reakce lymfocytů na jakýkoliv podmět je čím dál pomalejší, což dává infekci či nádoru čas se rozvinout. Léčba je poté zdlouhavá a nadměrně vyčerpává organismus. Kumulace jednotlivých potíží nakonec vede k zhrocení imunity. V této chvíli je pro pacienta vysilující i drobná infekce, mluvíme o plném propuknutí aids.